Родился в семье служащего. Грек. Окончив в родном селе неполную среднюю школу и 2 курса Цалкского педагогического техникума, работал учителем сельской школы. Окончил заочное отделение финансового техникума в столице Грузии — городе Тбилиси. В Красной Армии в 1936—1939 годах. После увольнения в запас, с 1939 по 1941 работал директором Курсавского детского дома в селе Красноярское Курсавского района Ставропольского края, куда в 1938 году переехала его семья. В Красную Армию вновь призван в 1941 году. В том же году окончил курсы «Выстрел». Участник Великой Отечественной войны с июня 1941 года. В 1942 году стрелковый батальон, которым командовал Ф. А. Зубалов, на подступах к Сталинграду в неравном и кровопролитном бою овладел господствовавшей над местностью высотой «Фигурная» и важным в стратегическом плане населённым пунктом на правом берегу реки Дон — Новая Калитва (Воронежская область), обеспечив прорыв советским войскам. Командир 3 стрелкового батальона 184 гвардейского стрелкового полка (62 гвардейская стрелковая дивизия, 37 армия, Степной фронт) гвардии капитан Феофилакт Зубалов особо отличился в битве за Днепр. 28 сентября 1943 года Зубалов Ф. А. во главе вверенного ему батальона первым переправился на правый берег реки Днепр и обеспечил захват господствующих высот в районе села Мишурин Рог Верхнеднепровского района Днепропетровской области Украины. В течение четырёх суток батальон гвардии капитана Зубалова отбил свыше пятнадцати контратак гитлеровской пехоты, поддерживаемой эсесовской танковой дивизией «Мертвая голова», уничтожив 15 танков и 6 автомашин противника. Рубеж был удержан. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 декабря 1943 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистскими захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм гвардии капитану Зубалову Феофилакту Андреевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда». В 1944 году Ф. А. Зубалов окончил ускоренный курс Военной академии имени М. В. Фрунзе. После войны гвардии майор Зубалов Ф. А. находился в запасе. Окончил Всесоюзную школу по подготовке директоров совхозов, а в 1951 году — педагогический институт в городе Пятигорск Ставропольского края. Работал на различных административно-хозяйственных должностях в Кабардино-Балкарии, Грузии. Также работал директором Ессентукского откормочного совхоза Ставропольского края. Похоронен на кладбище города Ессентуки. На могиле установлен обелиск.